認定医療法人から「基金拠出型医療法人」への移行に伴い、出資者が持分の一部を放棄し、その残額を基金拠出する場合、平成２６年度税制改正で創設された「医療法人の持分に係る贈与税等の納税猶予等制度」により納税猶予された贈与税額のうち、「基金拠出」した金額に対応する贈与税額は免除されないことになっている。

この点、「基金拠出」した金額に対応する贈与税額の計算上、その基金拠出した金額が、他の出資者の持分放棄により増加した持ち分を除く’’自己所有持分以下’’であれば、納税猶予された贈与税額の全額が免除される仕組みとなっている。